Prezidento Valdo Adamkaus gimnazija yra Aleksote, kairiajame Nemuno krante, šalia Botanikos sodo. Mokykla buvo įkurta kaip Seniavos pradinės mokyklos kompleksas. Seniavos pradinė mokykla įkurta 1920 m. Seniavos dvare. Kadangi kasmet mokinių skaičius didėjo, šiai mokyklai buvo priskirti kiti aplink esantys kaimai.

Mokykla plėtėsi: 1931 m. buvo atidaryta mokykla Fredoje, o 1936 m. - Julijanavoje. 1945 m. mokykla Julijanavoje buvo perorganizuota į VI progimnaziją. 1949 m. rugsėjo 8 d. Kauno m. Darbo žmonių deputatų tarybos Vykdomojo komiteto sprendimu Nr.527 VI progimnazija perorganizuota į 14 vidurinę mokyklą. Tuometinė mokykla buvo įsikūrusi keliuose pastatuose Veiverių gatvėje. Pirmasis mokyklos direktorius - Marcelius Žiūraitis. 1949 m. mokykloje dirbo 22 mokytojai, mokėsi 415 mokinių. 1951 m mokyklą baigė pirmoji abiturientų laida. Jų buvo 15. Mokinių skaičius sparčiai didėjo. Mokykla dirbo dviem pamainom. 1959 m. spalio 14 d. Kauno miesto DŽDT VK sprendimu Nr. 884 nuspręsta pradėti naujojo mokyklos pastato Bitininkų g. statybą. 1962 m. spalio 2 d. buvo atidaryta 1040 vietų mokykla. Mokinių skaičius vis didėjo, tad mokykla vėl dirbo dviem pamainomis.1990 m. sausio 17 d. Liaudies deputatų tarybos Vykdomojo komiteto sprendimu Nr.22 mokyklai buvo grąžintas Julijanavos vardas.

1992 m. mokyklai atiduotos darželio patalpos ir visos pradinės klasės persikėlė ten. Mokykla pradėjo dirbti viena pamaina.

Mokyklos prioritetai – pamokos kokybė, vaiko saugumas bei finansinių išteklių valdymas. Atsižvelgiant į tai šioje įstaigoje nuolat diegiamos įvairios naujovės: veikia Informacinis centras, šiuolaikiškas Metodinis kabinetas, 3 informatikos kabinetai, Dienos centro kabinetas, daugelis kabinetų aprūpinti multimedija. Nuo 2009 m. mokyklos bendruomenė naudojasi elektroniniu dienynu. Mokinius ugdo kvalifikuoti pedagogai, kurie savo kvalifikaciją tobulina įvairiuose Lietuvoje ir užsienyje rengiamuose seminaruose, dalyvauja projektinėje veikloje. Mokiniais rūpinasi Vaiko gerovės komisija, soc. pedagogė, psichologė, logopedė, sveikatos slaugytoja. Mokykloje įkurtos kelios visuomeninės organizacijos, tokios kaip: kudirkaičiai, maironiečiai, skautai; veikia mokinių savivalda. Kasmet mokiniai kviečiami lankyti įvairius neformaliojo ugdymo būrelius, kuriems vadovauja puikūs sporto treneriai ir meno vadovai. Mokyklos bendruomenė didžiuojasi mokiniais, kurie aktyviai dalyvauja visuomeninėje veikloje, konkursuose, varžybose, projektuose, pilietinėse akcijose, sėkmingai atstovauja mokyklai matematikos, chemijos, anglų k. ir kitų dalykų olimpiadose. Šios mokyklos abiturientai išlaikę egzaminus sėkmingai įstoja ir studijuoja  aukštosiose Lietuvos ir užsienio mokyklose.

Mokyklos direktoriais dirbo M.Žiūraitis, V.Štukas, B.Taparauskas, J.Adomavičius, V.Kazlauskas, B.Tilvikas, P.Andrulis, P.Kuprys, Š.Baronas, V. Zuzevičius.  Mokykloje dirbo daug kūrybingų mokytojų: B.Šarūnas, B.Vildžiūnaitė, V.Senkus, A.Panavienė, J. ir B.Grigai, E.Namajuškaitė, K.Vaidelienė, B.Švilpa, V.Sabaitis, J.Petrylaitė ir kt. 21 mokyklą baigęs mokinys dabar dirba mokykloje mokytojais. 37 mokiniai mokyklą baigę medaliu ar su pagyrimu. Mūsų mokykloje mokėsi aktoriai A.Šurna ir J.Kazlauskaitė, stalo tenisininkės A. ir R.Giedraitytės, biologė A.Stašytė, filosofas B.Kuzmickas, poetas G.Patackas, garsūs šių laikų sportininkai L. Kleiza, E. Kavaliauskas, E. Ulanovas ir kt. Nemažai informacijos galima rasti mokyklos istorijos muziejuje.

Vadovaujantis Lietuvos Respublikos Švietimo ir mokslo ministro 2015 m. liepos 8 d. įsakymu  Nr. V-734 „Dėl Kauno šv. Pranciškaus mokyklos vidurinio ugdymo programos akreditacijos“, akredituota mokyklos vykdoma vidurinio ugdymo programa.
        
Kauno šv. Pranciškaus mokyklos Visuotinio  dalininkų susirinkimo 2015 m. liepos 16 d.  nutarimu Nr. VD-4, Kauno šv. Pranciškaus mokyklos struktūra pertvarkyta pakeičiant mokyklos tipą iš vidurinės mokyklos į gimnaziją, įgyvendinančią priešmokyklinio ugdymo programą bei  pradinio, pagrindinio ir vidurinio ugdymo programas su atskirais Ekologijos ir aplinkos technologijų ugdymo sampratos elementais.
 
Kauno šv. Pranciškaus gimnazijos Visuotinio dalininkų susirinkimo 2016 m. gegužės 25 d. nutarimu Nr. VD-6, Kauno šv. Pranciškaus gimnazijos pavadinimas pakeistas į Prezidento Valdo Adamkaus gimnazija. Lietuvos Respublikos Juridinių asmenų registre įregistruota 2016-08-24.